Liječenje traje 12 tjedana (84 dana). Sumnjom na FIP, potrebno je napraviti krvne nalaze, kompletnu krvnu sliku i biokemiju seruma i poželjno odmah elektroforezu, uključiti i parametre SAA, index hemolize iz razloga, ako se ne radi o školskom primjeru krvnih nalaza za FIP, ovi parametri mogu dodatno koristiti u postavljanju dijagnoze. Amiloid A je kod FIPa iznimno visok te primjenom GS lijeka, dramatično padne (primijećeno kod Ciparskih mačaka liječenih od novog soja).

Prvi dani liječenja su najkritičniji i od životne važnosti je da se odmah primijeni terapija. Nema čekanja. Ponekad su sati u pitanju, pogotovo kod mačaka koje su razvile neurološki oblik FIPa. Kod sumnje na neurološki napad, uz anti-virusni lijek svakako treba dodatno i što prije aplicirati i lijek za sprječavanje neuroloških napada.

Kod visokih vrijednosti leukocita i/ili granulocita te ekstremno visokih globulina, svakako treba procijeniti i uključiti antibiotik širokog spektra.  Također, kod teških infekcija treba primijeniti i kortikosteroidne lijekove. Kod lakših slučajeva, kada je maca stabilno, te krvni nalazi blago odstupaju od normalnih vrijednosti, tj. biokemija seruma je školski primjer FIPa, antibiotik ne treba i nije preporučljiv. 

Protokol liječenja uključuje kontrolne preglede (biokemija, kks) svakih 4 tjedna i ranije po potrebi. Doziranje lijeka ovisi o težini mačke i općem stanju, tj odgovoru na dozu lijeka. Kod nekih mačaka očno-moždana barijera je nepropusnija, manja količina lijeka uspije se probiti i apsorbirati te takve mačke trebaju dobivati visoke doze lijeka, znatno više od preporučenih doza u istraživanjima. Premale doze lijeka uglavnom su razlog napredovanju virusa i bolesti. Neke mačke reagiraju i na manje doze od preporučenih, ali u prvim danima liječenja to može biti rizik i može završiti fatalno.

Više informacija o protokolu liječenja putem Facebook stranice FIPVet.

Obzirom na dosadašnja iskustva u kojima se mace nisu uspjele izboriti bez obzira na primjenu anti-virusnog lijeka, navodimo nekoliko scenarija za koje smatramo da su razlog fatalnom ishodu:

Prekomjerno uklanjanje tekućine iz abdomena - tekućina se uzima samo za uzorak za testiranje. Veće količine tekućine punktiraju se samo ako je otežano disanje, također ne uklanjati svu tekućinu.  Svako punktiranje u organizmu širi infekciju i pospješuje širenje bolesti. Naglo uklanjanje velike količine tekućine može uzrokovati nagli pad krvnog tlaka i šok kod mačke. Pleuralna punkcija preporučuje se raditi samo djelomično kako bi se smanjio pritisak, ali ne uklonila sva tekućina. Tekućina se pod terapijom prirodno apsorbira i nestaje u periodu od otprilike 7-15ak dana.

Premale doze na početku liječenja - većina veterinara i osoba koje određuju dozu slijedi smjernice provedenih istraživanja u kojima su propisane doze za liječenje injekcijama na mačkama koje su tretirane u bitno drugačijim uvjetima i nisu uzeti u obzir svi faktori koji su bitni za doziranje (porijeklo, rasa, teritorij, opće stanje, koliko dugo je mačka bila izložena virusu, koju terapiju je dobivala). Dakle, u praksi doziranje se prilagođava svakoj mački i stanju u kojem započinje liječenje.  Iz ovog razloga, npr. tvrtka Bova, UK, za liječenje okularnog FIPa tabletama, preporučuje početnu dozu 24mg/kg, dok je preporučena početna doza u istraživanjima 12mg/kg. Veterinari iz Australije također primjenjuju više doze od propisanih. 

Premalo doziranje može biti fatalna pogreška; kod mačaka u teškom stanju, premale doze lijeka ne mogu zaustaviti repliciranje virusa što završava smrću. Većina relapsa (ponavljanja bolesti) uzrokovana je premalim dozama.